Cuando el Mensajero fue informado de este encuentro de la confederación de tropas anti-musulmana a través de sus servicios de inteligencia, consultó a sus Compañeros. La opinión unánime de todos era quedarse en Medina y luchar desde allí. Salman al Farsi sugirió cavar una trinchera alrededor de la ciudad. Llevó seis días de febril trabajo construir esta trinchera. El Mensajero dividió a los musulmanes en grupos de diez y les ordenó competir entre ellos. Era una tarea difícil, no había mucho tiempo, y la hambruna se extendía por todas partes. Pero aún así todos los Compañeros trabajaron con entusiasmo. Para no sentir el hambre, cada uno sujetó una piedra alrededor de su estómago y recitaban, mientras cavaban:

Somos la gente que
juró lealtad a Muhammad;
por eso debemos luchar siguiendo el camino de Allah
mientras vivamos.
Por Allah, si Él no nos hubiera permitido,
Nosotros no podríamos ser guiados.
Ni haber sido caritativos, ni realizaríamos los rezos.
Envía sobre nosotros calma y tranquilidad
Y haz que nos mantengamos firmes si nos enfrentamos al enemigo. [2]

El Mensajero, cavando junto a ellos con dos piedras ajustadas alrededor de su estómago, les contestó con un pareado:

Así que, perdona a los Ayudantes y a los Emigrantes.[3]

Mientras cavaban la trinchera, los Compañeros desenterraron una roca grande que no podían romper. Cuando el Mensajero se enteró de ello empezó a golpearla con su piqueta. En la luz de las chispas resultantes, predijo: “Me han sido otorgadas las llaves de Persia; mi comunidad la conquistará”. Volvió a golpear la roca y otra vez en el fulgor resultante del roce de la roca con el metal declaró: “Allah es el más Grande. Me han sido otorgadas las llaves de Bizancio. Mi comunidad la va a conquistar.”[4]

Medina bajo amenaza. Los aliados avanzaron hacia Medina con la esperanza de aniquilar a los musulmanes en una batalla a campo abierto. Sin embargo, enfrentarse con esta nueva estrategia fue el primer golpe para ellos. Con unos veinte mil soldados acamparon cerca de la trinchera. Los de Medina no tenían más de tres mil soldados. Además, los quintacolumnistas de la tribu judía Banu Qurayza y los infiltrados de los Hipócritas ya habían contactado con el enemigo. Como señala el Corán 33:12-20, cuando los hipócritas avistaron al enemigo, se había propagado entre ellos un sentimiento derrotista. No contentos con su propia deslealtad, intentaron influir en los otros, los cuales pusieron excusas poco convincentes para retirarse. Si el enemigo pudiera conseguir la entrada, ellos traicionarían a la ciudad.

El Mensajero, una vez más, demostró su sagacidad y su genio militar: Posicionó a los soldados dentro de la ciudad de modo que pudieran proteger sus casas frente los posibles ataques de Banu Qurayza. Llegó el momento más crítico cuando el Banu Qurayza mandó un hombre a Medina para estar al corriente de las condiciones en las que se encontraban las mujeres musulmanas. Sin embargo, sus esperanzas fueron frustradas cuando Safiyya, la tía del Profeta, ajustició al espía.[5]

Mientras la guerra continuaba con intercambios de saetas y proyectiles de piedra, el Mensajero emprendía tentativas diplomáticas con la intención de dividir a los Aliados. Se puso en contactó con los líderes del Ghatafan y ofreciéndoles paz, les instó a que retirara a su gente. Nuaym ibn Masud, un líder aliado que había venido antes de la batalla a Medina para sembrar la discordia, empezaba a inclinarse a favor de la causa del Islam. Durante la batalla, entró en el Islam secretamente y siguió la orden del Mensajero de provocar la desconfianza entre las filas del Banu Qurayza. Nuaym los enemistó con el Coraich afirmando que los hombres de La Meca los abandonarían y deberían rehusar la ayuda del Coraich hasta que éstos les entregaran rehenes. Y después les dijo a los Coraichíes que los Banu Qurayza no podían cumplir su promesa e intentaban entretenerlos exigiendo a los rehenes compartir la responsabilidad en caso de ser derrotados. Esta estratagema tuvo éxito y la disensión creció entonces entre los Aliados.[6]

El Mensajero, gracias a la montaña de Sal que se encontraba detrás de la ciudad y protegía a ésta en su retaguardia, había pedido que un paso estrecho sea abierto en la trinchera defensiva pues Él contaba con que los jinetes del Coraich más adelantados intentarían cruzar por allí. Y esto es lo que sucedió a algunos de los más renombrados guerreros Coraichíes, que intentaron cruzar este punto para entablar combate. Entre ellos estaban Amr ibn Abd Wudd, Ikrima ibn Abi Jahl, Hubayra ibn Abi Wahb, Dirar ibn al-Kahattab, y Nawfal ibn al-Mughira.

Orgulloso de su fuerza y habilidad en la lucha, Amr desmontó de su caballo y se enfrentó con Ali, el cual había sido designado para luchar por el Mensajero. Amr avanzó hacia Ali con su espada desenvainada. Rápidamente asestó un golpe con su arma pero Ali lo atajó con su escudo. A continuación Ali contraatacó y golpeó con tal fuerza a su rival que el polvo que había a su alrededor se elevó como una nube cuando este cayó al suelo. Entonces las palabras Allahu Akbar (Allah es grande) fueron escuchadas. Ali había aniquilado a su oponente.[7] También mató a Dirar, a Hubayra y a Nawfal.[8] Ninguno otro jinete o general Coraichí pudo cruzar por este lugar. El sitio se prolongó durante veintisiete días. Los musulmanes soportaron con gran sufrimiento la hambruna, el frío, la lluvia interminable de flechas y piedras, las tentativas de cruzar la trinchera mediante ataques concentrados y traiciones e intrigas dentro de Medina. El Corán describe esta situación así:

Casi cuatro semanas más tarde, durante las cuales el enemigo estuvo desmoralizado a causa de su fracaso y los creyentes demostraban su paciencia y lealtad, vino del este una ráfaga penetrante de aire helado. Las tiendas de los enemigos fueron arrancadas de cuajo, sus fuegos fueron apagados, y la arena y la lluvia azotaba sus rostros. Aterrorizados por los presagios en contra de ellos, y ya divididos por la discordia, se retiraron pronto. Hudayfa al-Yamani, enviado por el Mensajero para espiar los movimientos del enemigo, escuchó a Abu Sufyan decir: “¡Venga, nos vamos a casa!”[9]

Los musulmanes salieron victoriosos con la ayuda de Allah, porque las fuerzas ocultas (los ángeles) les estaban ayudando:

La batalla de Trinchera fue la última tentativa Coraichí para destruir el Islam y los musulmanes continuación de su retirada, derrotados y humillados, el Mensajero declaró: “A partir de este momento vamos a marchar sobre ellos; ya no serán capaces de atacarnos por más tiempo”. [10]

Después de que los Aliados fueran vencidos y volvieran a su casa, el Mensajero centró su atención en el Banu Qurayza, que había traicionado su acuerdo con el Mensajero y se alió con el Coraich. Y también concedieron asilo a los líderes del Banu Nadir como Huyay ibn Ajtab quien había sido expulsado de Medina y siguió conspirando contra los musulmanes.

Apenas el Mensajero había regresado de esta batalla cuando el Arcángel Gabriel se le apareció y le dijo: “No me he desprendido aún de mi cota de malla y parto al encuentro del Banu Qurayza.”[11] El Mensajero ordenó a sus Compañeros marchar sobre esta tribu judía y montar su tienda de batalla frente a su fortaleza. Si le hubieran solicitado el perdón Él se lo habría concedido pero prefirieron resistirse. El Mensajero los asedió por veinticinco días. Al final preguntaron por los términos de rendición, acordando que debían someterse a la justicia de Sad ibn Muaz quien decretaba veredicto según la Torá. Esto fue el final de las conspiraciones del Banu Qurayza además de la presencia de los judíos en Medina.[12]

Sad ibn Muaz, un líder de los Ayudantes, había sido herido en la Batalla de la Trinchera. Rezó a Allah: “Oh Allah, si soy capaz de luchar una vez más al lado del Mensajero déjame vivir, sino, estoy preparado para morir”. Se martirizó muy poco después de que terminaran las conspiraciones judías.[13]